杀菌剂主要有以下3种分类：
1、按杀菌剂的来源，可将杀菌剂分为四类。
（1）矿物源杀菌剂：是指由天然矿物原料的无机化合物或矿物油经加工制成的杀菌剂。包括无机硫杀菌剂、无机铜杀菌剂和矿物油等。这类杀菌剂是植物病害化学防治中广泛使用的一类杀菌剂。无机硫杀菌剂主要防治多种作物的白粉病、小麦锈病、苹果黑星病和炭疽病等；无机铜杀菌剂用来防治多种作物的霜霉病、炭疽病等；矿物油主要防治花卉或蔬菜的白粉病。
（2）植物源杀菌剂：是指利用植物资源开发的杀菌剂。包括从植物中提取的活性成分、植物本身和按活性结构合成的化合物及衍生物。
（3）微生物杀菌剂：细菌、真菌、放线菌等微生物及其代谢产物和由它们加工而成的具有抑制植物病害的生物活性物质。微生物杀菌剂主要有农用抗生素(武夷菌素、井冈霉素、春雷霉素、中生菌素、链霉素和申嗪霉素等)、真菌杀菌剂(寡雄腐霉、木霉菌、淡紫拟青霉)、细菌杀菌剂(枯草芽孢杆菌、解淀粉芽孢杆菌）等类型。
（4）有机杀菌剂：指在一定剂量或浓度下，具有杀死植物病原菌或抑制其生长发育的有机化合物。20世纪60年代以后，有机杀菌剂得到蓬勃发展，是目前杀菌剂中数量最多的一类杀菌剂。如三唑类杀菌剂、甲氧基丙烯酸类杀菌剂、酰胺类杀菌剂、二甲酰亚胺类杀菌剂、咪唑类杀菌剂等。
2、按作用方式可将杀菌剂分为三类
（1）保护性杀菌剂：这类杀菌剂在病原微生物没有接触植物或没侵染植物体之前，用药剂处理植物或周围环境，从而保护植物免受病原菌侵害。如波尔多液、代森锌、硫酸铜、代森锰锌、百菌清等。
具有保护作用的杀菌剂在使用时，着重于“保护”。要求能在植物表面上形成有效的覆盖密度，并有较强的黏着力和较长的持效期。因此我们要了解需预防的病原菌是侵染植物的哪个部位、初侵染的时期及其为害的主要阶段等，才能有的放矢地施药。例如，小麦条锈病主要为害小麦的叶片、叶鞘和穗部，且大多在小麦拔节期至孕穗期之间侵染。若施用保护性杀菌剂，应在拔节期至抽穗扬花期之间进行。其次，要保持能连续性。保护剂的持效期一般为5～7天，因此要在病害侵染期间每隔5～7天喷药1次才能收到理想的防治效果，这点在对某些果树病害喷药防治时尤为重要。生产中常有喷施保护性杀菌剂效果不佳的现象，这其中主要是施药技术问题，如喷药晚了，在病菌侵入后才施药；再就是两次喷药间隔期过长等等。另外，喷撒保护性杀菌剂后，并不能马上看到药效，需经过一定时期后，与不施药区域相比较，才能看出其药效。
（2）治疗性杀菌剂：这类杀菌剂指病原微生物已经侵染植物体内，但植物表现病症处于潜伏期。药剂从植物表皮渗入植物组织内部，经输导、扩散、或产生代谢物来杀死或抑制病原菌，使病株不再受害，并恢复健康。如苯醚甲环唑、四氟醚唑、甲基托布津、多菌灵、春雷霉素等。
把握准施药时期是用好治疗作用杀菌剂的关键技术，治疗剂并不意味着在什么时期施药都能有效果，当病害已普遍发生，甚至已形成损失，再施用任何高效治疗剂也不能使病斑消失，植物康复如初。治疗剂可以比保护剂推迟用药，即在病菌侵入寄主的初始阶段、初现病症时喷药为宜。例如用三唑酮防治小麦条锈病，可以在小麦孕穗期末期(挑旗)至抽穗初期喷药，持效期达15天以上，仅喷药1次即可达到防病保产的效果。喷药早了，还需第二次用药。喷药迟了，效果不明显。
（3）铲除性杀菌剂：这类杀菌剂指病原菌已在植物的某部位(种子表面)或植物生存的环境中（土壤中），施药将病菌杀死，保护作物不受病菌侵染。如福美砷、五氯酚钠、石硫合剂等。此类杀菌剂多有强渗透性，杀菌力强，但持效期短，有的易产生药害，故很少直接施用于植物体嫩枝叶片。
3、按传导特性可将杀菌剂分为两类
（1）内吸性杀菌剂：该类杀菌剂能被植物叶、茎、根、种子吸收进入植物体内，经植物体液输导、扩散、存留或产生代谢物，可防治一些深入到植物体内或种子胚乳内的病害，以保护作物不受病原菌的浸染或对已感病的植物进行治疗，因此具有治疗和保护作用。如多菌灵、苯醚甲环唑、噻菌铜、甲霜灵、乙磷铝、甲基托布津等。
（2）非内吸性杀菌剂：该类杀菌剂不能被植物内吸并传导、存留。此类药剂不易使病原物产生抗药性，但大多数只具有保护作用，不能防治深入植物体内的病害。如硫酸铜、百菌清、石硫合剂、波尔多液、代森锰锌和福美双等。
