消毒是养猪场切断传染病传播、防止传染病发生和蔓延的重要手段，养猪场要重视消毒，也要科学消毒。消毒包括环境消毒、空圈消毒、带猪消毒、手术和阉割消毒、管理人员和兽医防疫人员进出猪舍消毒、器械消毒等。环境消毒指猪场门前和场内的交通要道、大小路径和圈前圈后的消毒。
猪场门前的消毒池可用2%～3%的火碱水，每隔3～4天更换一次，要始终保持池内有适量的消毒液，有条件的也可安装红外线消毒。猪场内的消毒可用2%的火碱水或0.2%～0.3%的过氧乙酸溶液进行喷雾消毒，正常情况下每月消毒两次。猪场内的各类消毒池可用2%～3%的火碱水，出入猪舍的人员必须经消毒池进行鞋底消毒。
办公及生活区消毒：正常情况下，办公室、宿舍、厨房、冰箱等必须每周消毒一次，卫生间、食堂餐厅等必须每周消毒两次。疫情暴发期间每天必须消毒1～2次。
空圈消毒：主要是要彻底清除栏圈内的一切粪尿、污水和杂物。用高压喷水枪由上至下彻底冲洗顶棚、墙壁及栏架等。待水干后用过氧乙酸、甲醛溶液或2%～3%的火碱水彻底冲洗。经过10～12小时后，再用清水彻底冲洗栏圈地面，待干燥后，再用0.2%～0.3%过氧乙酸溶液或1∶800的消毒威溶液喷雾消毒。
带猪消毒：种猪、后备猪舍每周消毒一次；产房每周消毒1～2次；保育舍每周消毒1～2次；育肥舍每周消毒1次。如果发生疫情，消毒次数可适当增多。
手术消毒：手术部位首先要用清水洗净擦干，然后涂以3%的碘酊，待干后再用70%～75%的酒精消毒，待酒精干后方可实施手术，术后创口再涂3%的碘酊。断尾时，尾巴断端要涂以3%的碘酊。
阉割消毒：阉割时，切口部位使用专用70%～75%的酒精消毒，待酒精干后方可施行阉割，结束后刀口处涂以3%的碘酊。
器械消毒：手术刀、手术剪、缝合针、缝合线可用煮沸消毒或用70%～75%的酒精消毒。注射器、针头必须煮沸消毒。
兽医防疫人员出入猪舍消毒：兽医防疫人员进入猪舍必须在消毒池内进行鞋底消毒，在消毒盆内洗手消毒。出舍时要在消毒盆内洗手消毒，在一栋猪舍工作完毕后，要用消毒液浸泡的纱布擦洗注射器和提药盒的周围，进行鞋底和手消毒后方可进入另一栋猪舍。
