防治农业面源污染的方法有以下几种：
1、严格控制畜禽养殖污染
针对全市畜禽养殖业发展较快、污染日益严重的状况，大力推行生态养殖模式，鼓励对畜禽粪便实行综合利用，做到减量化、无害化、资源化。发展养殖小区，实行人畜分离，引导养殖户向小区聚集。对新建、改建养殖设施实施“三同时”和排污许可制度。
2、科学施用农药和化肥
大力推广农作物病虫综合防治技术，建立安全用药制度，推广高效低毒低残留农药，开展以虫治虫生物防治示范，采取诱杀等农业防治措施，尽量减少农药使用量。大力推广测土配方施肥及秸秆综合利用技术，增加有机肥施用量，减少化肥用量，提高肥料利用率。
3、加强无害化处理污染物力度
在农村积极推行“一池三改”，加快沼气等可再生能源的推广应用。加快沼气发电、垃圾焚烧发电工程建设，建设必要的污水和垃圾处理设施，因地制宜的去抓好农村生活污水和垃圾处理，做到达标排放。
4、高度重视农村饮用水源保护
加强城镇和农村人畜饮用水源地规划建设，制定严格保护措施，加强饮用水源保护区管理，切实保障农村人畜饮水安全。
5、优化农村生产生活环境
按照布局合理、设施配套、环境整洁、村貌美观的原则，开展村镇规划，到2020年，基本形成中心村、中心镇群落。房前、屋后和庭院栽花种草，农户基本都能利用沼气和太阳能等洁净能源。加强农田林网建设，绿化村庄，提高林木覆盖率和生态效益。
（一）严格控制畜禽养殖污染。针对全市畜禽养殖业发展较快、污染日益严重的状况，大力推行生态养殖模式，鼓励对畜禽粪便实行综合利用，做到减量化、无害化、资源化。
发展养殖小区，实行人畜分离，引导养殖户向小区聚集。根据环境的承受能力适时控制养殖规模，设立禁养区、限养区和非限养区，对新建、改建养殖设施实施“三同时”和排污许可制度。
（二）科学施用农药和化肥。大力推广农作物病虫综合防治技术，建立安全用药制度，推广高效低毒低残留农药，开展以虫治虫、以菌治菌等生物防治示范，采取诱杀等农业防治措施，尽量减少农药使用量。
大力推广测土配方施肥及秸秆综合利用技术，增加有机肥施用量，减少化肥用量，提高肥料利用率。结合农业和农村经济结构调整，积极发展生态农业和有机农业，大力建设无公害农产品、绿色食品、有机食品生产基地，加强管理，减轻农业面源污染。
（三）加强无害化处理污染物力度。在农村积极推行“一池三改”，加快沼气等可再生能源的推广应用。加快沼气发电、垃圾焚烧发电工程建设，建设必要的污水和垃圾处理设施，因地制宜抓好农村生活污水和垃圾处理，做到达标排放。
（四）高度重视农村饮用水源保护。加强城镇和农村人畜饮用水源地规划建设，制定严格保护措施，加强饮用水源保护区管理，切实保障农村人畜饮水安全。
（五）优化农村生产生活环境。按照布局合理、设施配套、环境整洁、村貌美观的原则，开展村镇规划，到2020年，基本形成中心村、中心镇群落。房前、屋后和庭院栽花种草，农户基本都能利用沼气和太阳能等洁净能源。加强农田林网建设，绿化村庄，提高林木覆盖率和生态效益。
扩展资料污染来源：
农村面源污染主要来源于化肥和农药、畜禽粪便、生活垃圾和污水、秸秆、水产养殖及农膜等。
2005年中国化肥年施用量高达4700多万吨，约占世界总量35%，有机肥施用量仅占肥料施用总量的25%。
2005年中国农药消耗145.99万吨，利用率仅为30%左右，60~ 70%散落于环境中，残留农药经过降水、地表径流和土壤渗滤进入水体中，会导致土壤和水环境质量的恶化，一些农产品中农药残留等超标检出率达30%，残留农药还会破坏生态、影响生物多样性。
中国集约化畜禽业发展很快，畜禽粪便年产生量达27亿吨，粪便中的化学需氧量(COD)含量近8000万吨，约为全国工业和生活污水排放的5倍，在2003年1月1日《畜牧养殖废弃物排放标准》正式实施时，有90%左右的大型畜禽养殖场达不到排放控制标准，大量粪便、污水未经有效处理直接排入水体，造成严重的环境污染。
随着中国城镇化的迅速发展和人口的增长，农村生活污水和垃圾不断增加，全国农村每年有超过2500万吨的生活污水直接排放。
随着乡镇、农村迅速发展和广大农村人民生活水平迅速提高及生活条件明显改善，人口居住日趋集中，农村生活污水的排放量不断增加，据估测，到2010年，中国村镇污水排放量约270亿吨，绝大多数生活污水和垃圾未经处理，随意倾倒、丢弃和排放。
